質問： "You are you." とは、どういう意味ですか？
回答：「アナタはアナタです」や「君は君だ」という意味です。
詳しくは以下をご覧ください。
1. 英語の解説
"You are you." の "are" は 2. の意味です。
2. "You are you." の解釈
"You are you." は明白で動かしがたい事実を述べているに過ぎません。「あなた＝あなた」は「１＝１」と同レベルに明白で、今さら指摘する必要がない事実です。
そんな "You are you." は、どんな相手に向けられる言葉でしょうか？
「you ＝ you である」と今さらながらに指摘したくなる相手です。
具体例
"You are you." が向けられるのは例えば、本来の自分を受け入れようとしない（「you ＝ you」を認めようとしない）人です。
そんな人に向けられる "You are you." は、「君は君、それ以上でもそれ以下でもない」とか「君は君、それは変えられない現実だ」という意味です。
「今の君のままでいいんだ」と言いたいなら、他にふさわしい表現（"Be as you are." など）があります。
「今のままのアナタでいて」なら "Stay as you are." など。もう１つ思いつきました
"You are you." の用途をもう１つ思いつきました。
"You are... you!" で「君は... 君なんだ！（今ようやく分かったよ！）」です。
この必殺のセリフが放たれる具体的な場面は不明ですが、映画とか漫画で使われそうな雰囲気です。