"Does it...?" と "Is it...?" の違いを簡単に説明します。
"Does it...?"
"Does it...?" は「それは...ですか？」と尋ねる疑問文です。
"it（それ）" を主語とする英語の疑問文の多くは "Does" で始まります。 例えば、"It walks." を疑問文にするには、先頭に "Does" を付け、"walks" を原形 "walk" に戻します。 次の通り：
It walks.（それは歩く）
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"Does it walk?"こうして生まれた "Does" と "it" の連なりが "Does it...?" です。
"Is it...?"
"Is it...?" も「それは...ですか？」と尋ねる疑問文です。
"Is it...?" が「それは（...）いますか/存在しますか？」などの意味である場合もありますが、話が難しくなるので、ここでは触れません。
"Is it...?" は "It is..." という平叙文を疑問文にしたものです。 "It is..." では動詞がＢｅ動詞なので、疑問文の作り方が普通の動詞（一般動詞）と異なります。
"It is..." を疑問文にするには、"Does" を文の先頭に追加するのではなく、すでに文中に存在する "is" を文の先頭に移動させます。 次の通り：It is a flower.（それは花だ）
↓
Is it a flower?（それは花ですか？）こうして生まれた "Is" と "it" の連なりが "Is it...?" です。
Ｂｅ動詞とは
Ｂｅ動詞とは、"be" という動詞が人称(1) や時制(2) の違いによって形（つづり）を変化させた一群の動詞(3) のことです。(1) 一人称の「私」や二人称の「彼ら」など。
(2) 現在・過去・未来。
(3) Ｂｅ動詞は "be" "is" "am" "are" "was" "were" "been" "being" に変化します。主語が "they（彼ら、彼らたち）" で時制が現在のとき、Ｂｅ動詞は "be" という元の形（原形）から "are" へと変化します。 この変化は「活用」と呼ばれます。
Ｂｅ動詞の基本的な意味は「～である」と「（...に）いる、存在する」です。 詳しい意味は、「基本的な意味は２つ。 Ｂｅ動詞の意味をやさしく説明」をご覧ください。
まとめ
"it" を主語とする文を疑問文とするときに、一般動詞であれば "Does it...?"、Ｂｅ動詞であれば "Is it...?" となります。
時制の違いや助動詞の有無などによって、実際にはもっと色々な疑問文が存在しますが、"Does it...?" か "Is it...?" かという問題に限れば、動詞が一般動詞かＢｅ動詞かという違いだけです。