"Does he...?" と "Is he...?" の違いを簡単に説明します。
1. "Does he...?"
"Does he...?" は「彼は...ですか？」と尋ねる疑問文です。
"he（彼）" を主語とする英語の疑問文の多くは "Does" で始まります。 例えば、"He has a book.（彼は本を持っている）" を疑問文にするには、先頭に "Does" を付けて（さらに、"has" を "have" に戻して）"Does he have a book?" とします。
こうして生まれた "Does" と "he" の連なりが "Does he...?" です。
2. "Is he...?"
"Is he...?" も「彼は...ですか？」と尋ねる疑問文です。
"Is he...?" は "He is..." という平叙文を疑問文にしたものです。 "He is..." では動詞がＢｅ動詞と呼ばれるタイプの動詞なので、疑問文の作り方が普通の動詞の場合と異なります。
"He is..." を疑問文にするには、"Does" を文の先頭に追加するのではなく次のように、すでに文中に存在する "is" を文の先頭に移動させます：
"He is a child.（彼は子供だ）"
↓
"Is he a child?（彼は子供か？）"
こうして生まれた "Is" と "he" の連なりが "Is he...?" です。
Ｂｅ動詞とは
Ｂｅ動詞とは、"be" という動詞が人称(*) や時制(2) の違いによって形（つづり）を変化させた一群の動詞のことです。 "be"、"is"、"am"、"are"、"was"、"were"、"been"、"being" がＢｅ動詞です。(1) 一人称の「私」や二人称の「あなた」など。
(2) 現在、過去、未来。主語が "she（彼女）" や "he（彼）" などの三人称単数で時制が現在のとき、Ｂｅ動詞は "be" という元の形（原形）から "is" へと変化します。 この変化は「活用」と呼ばれます。
Ｂｅ動詞については、「基本的な意味は２つ。 Be動詞の意味をやさしく説明」にまとめています。
3. まとめ
"He" を主語とする文を疑問文とするときに、動詞が一般的なものであれば "Does he...?" となり、動詞がＢｅ動詞であれば "Is he...?" となります。
時制の違いや助動詞の有無などによって、実際にはもっと色々な疑問文が存在しますが、"Does he...?" か "Is he...?" かという問題に限れば、動詞がＢｅ動詞か否かという違いだけです。